太平天国农民战争失败的根本原因主要在于其自身存在的局限性和外部势力的联合镇压。具体表现在以下几个方面：

1. 农民阶级的局限性：太平天国运动的领导者和参与者主要是农民，他们具有强烈的反封建意识，但在组织形式、战略战术上缺乏科学理论指导，未能形成有效的领导核心。

2. 政治纲领的局限性：天朝田亩制度虽然提出了平均主义的土地分配原则，但这一理想化的方案在实际操作中难以实现，且未触及封建土地所有制的本质问题，无法从根本上解决社会矛盾。

3. 组织结构的问题：太平天国后期内部腐败严重，争权夺利现象频发，如杨秀清被杀等事件削弱了军队战斗力和凝聚力。

4. 外部势力的联合镇压：面对强大的内外压力，清政府调动大量兵力进行围剿；同时，英法等西方列强也支持清军，使得太平天国陷入孤立无援的境地。

综上所述，太平天国农民战争最终因上述多重因素而失败。