受中世纪神学束缚最大的学科可能是自然科学。在中世纪，基督教神学在欧洲占据主导地位，许多自然现象的解释都被赋予了宗教意义。科学研究往往需要与当时的宗教教义相符合，否则可能会受到教会的打压和排斥。直到16世纪和17世纪的科学革命，自然科学才逐渐摆脱神学的束缚。