被部队退回并被取消补偿代偿资格的原高校在校生，其已补偿的学费或代偿的国家助学贷款资金应由学生本人或其家庭负责偿还。不过，具体操作中，通常会由就读高校会同同级人民政府征兵办公室来协调和处理相关事宜。

根据高等学校毕业生学费和国家助学贷款代偿暂行办法等相关政策文件的规定，如果出现因身体、学业、违法违纪等非身体原因而被部队退回的情况，将被取消学费补偿和国家助学贷款代偿资格，并且需要退还之前已获得的补偿资金。这个过程中，高校和地方政府部门会负责具体的执行工作。