维持蛋白质二级结构的主要化学键是氢键。蛋白质的二级结构主要包括α-螺旋和β-折叠等形式，这些结构主要是通过肽链主链上的羰基（C=O）与亚氨基（N-H）之间形成的氢键来稳定。这些氢键在蛋白质分子内部形成，连接不同的肽键，从而使得蛋白质能够折叠成特定的二级结构。此外，水等外部因素也会影响这些氢键的形成和稳定性。