酵母菌主要通过以下两种方式进行繁殖：

1. 无性繁殖：这是酵母菌最常见的繁殖方式，包括芽殖和裂殖。其中最常见的是芽殖，即酵母菌细胞从母细胞上长出一个或多个芽体，芽体逐渐长大后与母细胞分离成为新的独立个体。

2. 有性繁殖：在特定条件下，如营养条件恶化时，一些酵母菌会进行有性繁殖。这通常涉及到两个不同交配型（MATa和MATα）的细胞融合，形成一个二倍体细胞，然后这个二倍体细胞经过减数分裂产生四个单倍体子细胞。

因此，酵母菌的主要繁殖方式有两种，一种是无性繁殖，另一种是有性繁殖。