当某学生在水瓶中装入半瓶热水并盖紧瓶盖后，由于热胀冷缩的原理，瓶子内部的空气和水会因为温度的下降而收缩。这会导致瓶内气压降低，形成一定的负压状态。如果瓶子密封性很好，外界的大气压强将会大于瓶子内部的气压，从而可能会使得瓶子略微变形或者在打开瓶盖时感觉到明显的阻力。

此外，热水冷却后，瓶壁可能会出现凝结现象，即水蒸气遇冷凝结成小水珠附着在瓶壁上，导致瓶子内部湿度增加，瓶壁上出现水珠。

具体的现象还会受到环境温度、空气湿度以及瓶子材质等多种因素的影响。如果想要避免这些情况的发生，可以考虑使用具有透气功能的瓶盖或选择在更稳定的环境中进行实验。