在疫情防控期间，如果单位要求只有50%的人员到岗，作为科室负责人，你可以采取以下一些措施来确保工作的顺利进行：

1. 合理安排到岗人员：根据工作性质和紧急程度，合理安排哪些员工需要到岗工作，哪些可以远程办公。优先考虑那些必须到现场才能完成任务的员工。

2. 制定详细的工作计划：与团队成员一起制定详细的工作计划，明确每个人的责任和任务，确保即使只有一部分人到岗，也能保证工作效率。

3. 加强沟通协调：利用电子邮件、即时通讯软件等工具加强团队内部以及与其他部门之间的沟通协调，确保信息传递及时准确。

4. 关注员工健康：提醒并鼓励所有员工做好个人防护措施，如佩戴口罩、勤洗手、保持社交距离等。对于到岗的员工，应提供必要的防疫物资，并定期对办公环境进行消毒。

5. 灵活调整工作方式：考虑到疫情可能带来的不确定性，应保持工作方式的灵活性，比如实行轮班制度，避免所有员工同时到岗。

6. 心理支持：疫情期间，员工可能会面临各种压力。作为领导，应该关注员工的心理状态，必要时提供心理咨询服务，帮助他们缓解压力。

7. 定期评估和调整策略：随着疫情的发展，防控措施也可能发生变化。因此，需要定期评估当前的工作安排是否仍然有效，并根据实际情况做出相应调整。

通过上述措施，可以在保障员工健康安全的同时，尽量减少疫情对工作的影响。