清朝在顺治十五年时，参照前朝旧制建立了内阁机构，其核心由内三院组成。在这个时期，大学士的官衔有了新变化，开始在头衔中加入殿和阁的称谓，由此诞生了诸如保和殿大学士、文渊阁大学士等不同名号。从顺治到乾隆年间，大学士的权势地位可谓起伏不定——在权力鼎盛时期，他们堪称朝中最具影响力的大臣；而当权力式微时，则沦为仅仅负责宣读奏章的普通文官。以康熙九年为例，朝廷正式将大学士定为满汉各设的正二品官职；到了雍正朝，内阁地位进一步提升至正一品，位列六部尚书之上，因此内阁也被人们尊称为宰辅衙门。乾隆十三年进行了一次重大调整，将原有的四殿（中和、保和、文华、武英）和二阁（文渊、东阁）精简重组为三殿（保和、文华、武英）和三阁（文渊、体仁、东阁）。与此同时，还增设了协办大学士一职，作为大学士的副手，官阶定为从一品。

内阁大学士的职能定位常被拿来与古代宰相相提并论。对此，乾隆皇帝曾特别说明：宰相一职自明朝洪武年间就已废除。后世设立的大学士，虽沿用了相关制度，但其职权仅限于起草诏令、票拟奏章，远不及古代宰相掌握的实际权力。这一制度一直延续到宣统三年，随着责任内阁制的推行，延续两百余年的清代内阁制度才正式退出历史舞台。

在乾隆改制后的三殿三阁体系中，每个殿阁都设有满汉大学士各两名，均为正一品高官。虽然大学士的头衔极为尊贵，但实际权力却相对有限，不过它仍是清代文官体系中最显赫的职位，成为天下文人士大夫梦寐以求的最高荣誉。协办大学士的配置则有所不同，满汉各设一人，品级为从一品，但不授予殿阁头衔，通常由六部尚书兼任，因此也可直接以某部尚书相称。再往下是内阁学士，满员六人、汉员四人，多兼任礼部侍郎，属于从二品。最基层的内阁官员是笔帖式，共设十人，全部由八旗子弟担任。

值得注意的是，虽然大学士贵为正一品大员，但其俸禄却不算丰厚：年俸银仅215两，外加144两柴薪银。协办大学士同为从一品，年俸与大学士持平，但不享受柴薪银待遇。而六部尚书虽然也是从一品，年俸却只有183两，不过可以领取与大学士相同的144两柴薪银。

相比之下，地方大员的待遇更为优厚。总督一般为正二品（若加兵部尚书衔则为从一品，加大学士衔可达正一品），基本年俸仅152两，但养廉银却高达1.5万至2万两。巡抚属于从二品（加兵部侍郎衔可晋正二品），年俸120两，养廉银在1万到1.5万两之间。这种悬殊的待遇差异，充分展现了清代官制中复杂的薪酬体系和微妙的权力分配格局。