当一个程序窗口被最小化后，该应用程序通常会继续在后台运行。具体的行为取决于应用程序的类型和操作系统的设计。例如，在Windows或macOS系统中，一些应用程序可能会继续执行其任务，而其他应用程序可能会暂停某些操作直到窗口被恢复。

在移动设备（如Android或iOS）上，应用程序在被最小化后的行为也可能不同，有些应用可能会完全停止运行以节省资源，而有些则可能允许后台处理以完成特定的任务。

需要注意的是，不同的操作系统和应用程序设置可能会导致不同的行为。如果您对特定应用程序的行为有疑问，最好查阅该应用程序的文档或联系开发者获取详细信息。