种子最先突破种皮的部分是胚根。在种子萌发过程中，胚根会首先生长并穿透种皮，向下发展成为植物的主根。随后，胚芽也会生长并突破种皮，向上发展成为植物的茎和叶。这个过程称为种子萌发。