真菌和细菌的主要区别包括以下几个方面：

1. **细胞结构**：
- 细菌：单细胞微生物，属于原核生物。它们的细胞没有真正的细胞核，也没有其他膜结合的细胞器。
- 真菌：大多数为多细胞（少数如酵母菌是单细胞），属于真核生物。它们有真正的细胞核和其他膜结合的细胞器。

2. **形态**：
- 细菌：通常较小，形状多样，常见的有球状、杆状和螺旋状。
- 真菌：大小不一，形态多样，包括霉菌（丝状）、酵母菌（单细胞）等。

3. **营养方式**：
- 细菌：可以是光合自养（如蓝细菌）、化学自养或异养（从有机物中获取能量）。
- 真菌：通常是异养的，通过分解有机物来获取养分，有些寄生在其他生物体上。

4. **繁殖方式**：
- 细菌：主要通过二分裂进行无性繁殖，某些情况下也可以进行基因转移。
- 真菌：可以通过孢子繁殖（有性和无性），一些单细胞真菌（如酵母菌）也能进行出芽生殖。

5. **对抗生素的敏感性**：
- 细菌：某些抗生素可以有效杀死或抑制细菌的生长。
- 真菌：对大多数针对细菌的抗生素不敏感，需要使用专门的抗真菌药物。

这些区别使得真菌和细菌在生物学分类、生态角色以及在医学和工业上的应用上有很大的不同。