明代全国最大的内河漕船厂是位于江苏省扬州市的宝应漕船厂。这个船厂在明朝时期负责建造和维修用于内河运输漕粮的船只，对当时的经济和军事都起到了重要的支持作用。需要注意的是，历史信息随着时间的推移可能会有所变化或发现新的史料，但根据现有的历史资料，宝应漕船厂是这一时期的著名船厂之一。