1939年夏季，为了更好地巩固和发展冀东根据地，党中央决定将冀东抗日联军与留驻冀东的八路军部队合并，统筹编成冀热察挺进军第13支队，李运昌担任司令，牛楚离担任政委，包森则出任副司令。这一决定标志着冀东地区抗日力量的进一步整合与发展。

提到李运昌担任司令的故事，背后其实有一段引人入胜的经历。五六月份期间，平西区的党委召开了一次重要会议，李运昌需要穿过敌占区的唐山和北平赴平西参加这次会议。会议由晋察冀军区指挥员萧克主持。这是萧克第一次见到李运昌。李运昌身穿一袭布制长袍，头戴礼帽，显得颇有商人风范。正是因为这身打扮，他能在日伪统治下的北平城中自由出入。萧克后来回忆：“我非常佩服他的机智、勇敢，以及丰富的与敌斗争的经验，尤其是在秘密工作方面的能力。”因而，萧克决定任命李运昌为冀东武装部队的司令。

然而，会议上却出现了一位怀有不同意见的长征老干部（其实是一位年轻战士），他对萧克表示不满，说道：“他没有当过兵，怎么能担任司令?” 然而实际上，萧克早已清楚李运昌的背景，他是黄埔军校四期的毕业生，长期从事党的秘密工作，也是冀东起义的主要领导之一，拥有丰富的武装斗争、统战以及其他革命工作的经验。因此，萧克试图向这位同志解释，但他始终不相信。于是萧克问他：“你敢不敢像李运昌一样，从游击区经过北平去办点事情？”这一问让对方大吃一惊，连忙说：“不行，不行，北平现在处于日本的占领之下，特务和间谍遍布，我可不敢去。”

萧克坚定地说：“李运昌同志在游击区积累的斗争经验是十分宝贵的。”经过这番说服，这位年轻同志最终心悦诚服，未再反对。事实证明，萧克的眼光没有错。在抗战结束后，李运昌的军事职务甚至上升至东北人民自治军第二副总司令，比萧克的军衔更高。中共党史出版社出版的一本名为《十大元帅：解放军十大统帅鲜为人知的历史》的书籍详细记述了这一历史故事，该书成为年度畅销书，曾登上中国军事图书热卖榜的首位。